评分规则普遍存在于所研究的各生物类群中，便于分析和比较；选择在各种生物中功能同源的大分子；所选择的分子序列必须能严格的线性排列，以便进行进一步的分析比较；根据所比较的各类生物之间的进化距离来选择适当的分子序列